Identification of Chimeric RNAs Using RNA-Seq Reads and Protein–Protein Interactions of Translated Chimeras

פרסום מחקרי: פרק בספר / בדוח / בכנספרקביקורת עמיתים

תקציר

Chimeric RNA moieties typically consist of exons from two genes expressed from different genomic locations and produced by chromosomal translocations, trans-splicing or transcription errors. Recent advances in next-generation sequencing procedures have opened new horizons for identification of novel chimeric transcripts in various diseases in a personalized manner. Here we describe the detailed computational procedures to identify chimeric transcripts using RNA-seq reads. Moreover, we elaborate on the domain–domain co-occurrence method to detect alterations in chimeric protein–protein interaction (ChiPPI) networks produced by chimeric RNA that are translated to chimeric proteins.

שפה מקוריתאנגלית
כותר פרסום המארחMethods in Molecular Biology
עמודים27-40
מספר עמודים14
מזהי עצם דיגיטלי (DOIs)
סטטוס פרסוםפורסם - 2020

סדרות פרסומים

שםMethods in Molecular Biology
כרך2079

ASJC Scopus subject areas

  • ???subjectarea.asjc.1300.1311???
  • ???subjectarea.asjc.1300.1312???

טביעת אצבע

להלן מוצגים תחומי המחקר של הפרסום 'Identification of Chimeric RNAs Using RNA-Seq Reads and Protein–Protein Interactions of Translated Chimeras'. יחד הם יוצרים טביעת אצבע ייחודית.

פורמט ציטוט ביבליוגרפי