From pseudo to real time dynamics of T cell thymic differentiation

Avishai Gavish, Benny Chain, Tomer M. Salame, Yaron E. Antebi, Shir Katz, Shlomit Reich-Zeliger, Nir Friedman

פרסום מחקרי: פרסום בכתב עתמאמרביקורת עמיתים

תקציר

Numerous methods have recently emerged for ordering single cells along developmental trajectories. However, accurate depiction of developmental dynamics can only be achieved after rescaling the trajectory according to the relative time spent at each developmental point. We formulate a model which estimates local cell densities and fluxes, and incorporates cell division and apoptosis rates, to infer the real time dimension of the developmental trajectory. We validate the model using mathematical simulations, and apply it on experimental high dimensional cytometry data obtained from the mouse thymus to construct the true time-profile of the thymocyte developmental process. Our method can easily be implemented in any of the existing tools for trajectory inference.
שפה מקוריתאנגלית
מספר המאמר105826
מספר עמודים15
כתב עתiScience
כרך26
מספר גיליון1
תאריך מקוון מוקדם17 דצמ׳ 2022
מזהי עצם דיגיטלי (DOIs)
סטטוס פרסוםפורסם - 20 ינו׳ 2023

טביעת אצבע

להלן מוצגים תחומי המחקר של הפרסום 'From pseudo to real time dynamics of T cell thymic differentiation'. יחד הם יוצרים טביעת אצבע ייחודית.

פורמט ציטוט ביבליוגרפי