FEAST: fast expectation-maximization for microbial source tracking

Liat Shenhav, Mike Thompson, Tyler A. Joseph, Leah Briscoe, Ori Furman, David Bogumil, Itzhak Mizrahi, Itsik Pe’er, Eran Halperin

פרסום מחקרי: פרסום בכתב עתמאמרביקורת עמיתים

תקציר

A major challenge of analyzing the compositional structure of microbiome data is identifying its potential origins. Here, we introduce fast expectation-maximization microbial source tracking (FEAST), a ready-to-use scalable framework that can simultaneously estimate the contribution of thousands of potential source environments in a timely manner, thereby helping unravel the origins of complex microbial communities (https://github.com/cozygene/FEAST). The information gained from FEAST may provide insight into quantifying contamination, tracking the formation of developing microbial communities, as well as distinguishing and characterizing bacteria-related health conditions.

שפה מקוריתאנגלית
עמודים (מ-עד)627-632
מספר עמודים6
כתב עתNature Methods
כרך16
מספר גיליון7
מזהי עצם דיגיטלי (DOIs)
סטטוס פרסוםפורסם - 1 יולי 2019

ASJC Scopus subject areas

  • ???subjectarea.asjc.1300.1305???
  • ???subjectarea.asjc.1300.1303???
  • ???subjectarea.asjc.1300.1312???
  • ???subjectarea.asjc.1300.1307???

טביעת אצבע

להלן מוצגים תחומי המחקר של הפרסום 'FEAST: fast expectation-maximization for microbial source tracking'. יחד הם יוצרים טביעת אצבע ייחודית.

פורמט ציטוט ביבליוגרפי